Les engrais azotés sont polluants de part leur production et leur utilisation. L’épandage de ces engrais est source d’émissions d'ammoniac et de protoxyde d’azote ayant un
pouvoir réchauffant 300 fois plus important que le gaz carbonique. De plus l'azote de ces engrais n'est pas forcément entièrement consommé par les plantes et se retrouve emporté par les pluies vers les nappes phréatiques et cours d'eau entraînant des
dégradations sévères de la qualité des eaux et des écosystèmes aquatiques.“La fabrication de ces engrais, que nous importons à 60 %, est une bombe climatique : il faut l’équivalent en gaz d’un kilogramme de pétrole pour produire un kilogramme d’azote.” (Le Monde, 2021). Les engrais azotés sont produit avec de l’azote de l’air et du gaz naturel chauffés et sous pression en résultant de l’ammoniac (NH3), de l’acide nitrique (HNO3), du nitrate d’ammonium (AN) ou encore de l’urée (UAN). Ce procédé utilise donc des énergies fossiles pour produire des engrais qui seront eux aussi source d’émissions de GES et de pollutions des eaux.